Chương trình đào tạo luôn được xây dựng, phát triển và cập nhật:

-        Chương trình Công nghệ Thực phẩm được hình thành từ năm 1956 và bắt đầu đào tạo từ năm 1964. Sau 40 năm vào năm 1996, chương trình Công nghệ Sinh học, ngành mũi nhọn về khoa học công nghệ bắt đầu đưa vào đào tạo cho Sinh viên khóa 41.

-        Năm 2009 (Khóa 52), chương trình CNSH và CNTP được đổi mới theo hệ thống tín chỉ, xây dựng theo nguyên tắc CDIO (Conceive Design Implement Operate)

-        Năm 2017, chương trình Kỹ thuật Sinh học và Kỹ thuật Thực phẩm được rà soát dựa trên phản hồi của các Doanh nghiệp, cựu sinh viên, người học để đưa ra chuẩn đầu ra 3 cấp độ và khung chương trình đã được đổi mới đặc biệt khối kiến thức kỹ năng mềm và ngoại ngữ được bổ sung vào chương trình

-        Năm 2019, xuất phát từ nhu cầu thực tế đối với nguồn nhân lực có khả năng làm việc trong môi trường quốc tế, Chương trình đào tạo tiên tiến (ELITECH) đào tạo bằng tiếng Anh ngành Kỹ thuật Thực phẩm đã được xây dựng và triển khai, số lượng tuyển sinh tăng đều theo các năm.

-        Năm 2019, chương trình Kỹ sư được cập nhật và phát triển đáp ứng yêu cầu và qui định mới của Luật Giáo dục đại học.

-        Năm 2020, chương trình Kỹ sư Kỹ thuật sinh học được đánh giá đạt chuẩn AUN-QA.

-        Năm 2021, chương trình Kỹ sư Kỹ thuật sinh học được đánh giá đạt chuẩn AUN-QA.

-        Năm 2022, Viện đã phối hợp với Trường Điện – Điện tử xây dựng chương trình đào tạo Kỹ thuật Y sinh và bắt đầu tuyển sinh khóa đầu tiên

Hiên nay, Viện triển khai 04 chương trình đào tạo các bậc với 03 ngành cử nhân, 03 ngành thạc sĩ và 03 ngành tiến sĩ.

Trong suốt chiều dài lịch sử tính đến thời điểm này, Viện đã đào tạo trên 14000 kỹ sư cử nhân, hơn 700 thạc sĩ, hơn 120 tiến sĩ các chuyên ngành.